Κριτική στη Συμφωνία των Πρεσπών άσκησαν και οι αρχηγοί των μικρότερων κομμάτων της αντιπολίτευσης κατά τη συζήτηση στη Βουλή.
«Η παραχώρηση σύνθετης ονομασίας συνιστά προδοσία» ανέφερε ο αρχηγός της Χρυσής Αυγής Νίκος Μιχαλολιάκος, ο οποίος επέκρινε και τη ΝΔ, ζητώντας να παραδεχτεί την αλήθεια πως αυτή ήταν και παραμένει η επίσημη θέση της. «Η Μακεδονία είναι μία και μόνο ελληνική» κατέληκε στην ομιλία του ο κ. Μιχαλολιάκος.
Εκτός Βουλής, ο ΓΓ του ΚΚΕ Δημήτρης Κουτσούμπας, στη αποψινή συγκέντρωση του ΚΚΕ στο Πάρκο Ελευθερίας στην Αθήνα, ανέφερε: "Είμαστε εδώ για να διατρανώσουμε το δικό μας 'Όχι' στη συμφωνία Τσίπρα - Ζάεφ και τους ευρωατλαντικούς αντιλαϊκούς σχεδιασμούς. Είμαστε εδώ για να διατρανώσουμε το δικό μας 'Ναι' στην ειρήνη, τη φιλία, την αλληλεγγύη του ελληνικού με τον γειτονικό λαό. Είναι το γνήσιο ''Οχι' και το αληθινό 'Ναι' αυτά που δέσποσαν σήμερα το πρωί στην Ακρόπολη, σε αυτό το αιώνιο σύμβολο του ελληνικού και παγκόσμιου πολιτισμού, που έκανε τον γύρο του κόσμου".
Σε αντίθεση με τους υπόλοιπους αρχηγούς των κομμάτων της αντιπολίτευσης ο επικεφαλής του Ποταμιού Σταύρος Θεοδωράκης, με την ιδιότητα τυπικά του ανεξάρτητου βουλευτή, ανέφερε: «Με τη Συμφωνία των Πρεσπών παύει η μονοπώληση του ονόματος Μακεδονία από τους γείτονές μας. Η συντριπτική πλειοψηφία των λαών του κόσμου όταν ακούν Μακεδονία ο νους τους πάει στην πΓΔΜ. 140 χώρες τους έχουν αναγνωρίσει ως Δημοκρατία της Μακεδονίας. Αυτό και μόνο αυτό αποδεικνύει ότι κάτι κάνουμε λάθος όλα αυτά τα χρόνια. Χώνουμε το κεφάλι στην άμμο, δεν βλέπουμε τον κίνδυνο και λέμε στο διπλανό κεφάλι, που επίσης είναι χωμένο στην άμμο, "νικάμε σε λίγο νικάμε"».
