Το Πολεμικό Ναυτικό αποτελούσε πάντα μια πολύ μεγάλη αγάπη για τον Βαρδή Βαρδινογιάννη. Το όνειρό του να γίνει αξιωματικός του ένδοξου Όπλου, το έκανε πράξη το 1955, αποφοιτώντας από τη Σχολή Ναυτικών Δοκίμων, όπως είχε κάνει λίγο νωρίτερα και ο αδελφός του Νίκος.
Η τελευταία εμφάνιση του Βαρδή και της Μαριάννας Βαρδινογιάννη
Άνθρωπος οργανωτικός, με ηγετικές ικανότητες, έχαιρε μεγάλης εκτίμησης από τους συναδέλφους και τους ανωτέρους του. Το μέλλον του ως αξιωματικός προδιαγραφόταν λαμπρό. Όμως η δικτατορία της 21ης Απριλίου ανέκοψε απότομα την άνοδό του.
Ήρθε σε αντίθεση με το καθεστώς, το οποίο τελικά τον αποστράτευσε το καλοκαίρι του 1967 με το βαθμό του πλωτάρχη.
Μάλιστα, για την αντιστασιακή του δράση συνελήφθη τον Ιανουάριο του 1968 και εξορίστηκε στην Αμοργό από τον Φεβρουάριο έως τον Σεπτέμβριο του ίδιου έτους.
Παρ’ όλα αυτά, ο Βαρδής Βαρδινογιάννης δεν έκοψε ποτέ τους ισχυρούς δεσμούς του με το Πολεμικό Ναυτικό και τους φίλους του που υπηρετούσαν σε αυτό.
Β. Βαρδινογιάννης: Μυήθηκε στο Κίνημα του Ναυτικού και βοήθησε τον Ν. Παππά και το «Βέλος»
Λίγα χρόνια αργότερα, το 1973, μυήθηκε στο αντιδικτατορικό Κίνημα του Ναυτικού και βοήθησε ώστε να εξασφαλιστεί ο ανεφοδιασμός των πλοίων σε περίπτωση εκδήλωσης του κινήματος. Ο κυβερνήτης του θρυλικού αντιτορπιλικού «ΒΕΛΟΣ», αντιπλοίαρχος Νίκος Παππάς, ο οποίος πρωτοστάτησε στο Κίνημα, ήταν στενός φίλος του Βαρδή Βαρδινογιάννη.
Ο ίδιος, σε όλες τις μετέπειτα επετείους του Κινήματος, έδινε πάντα «το παρών», τιμώντας όχι μόνο το φίλο του αλλά και όλους τους αξιωματικούς που αγωνίστηκαν κατά της δικτατορίας. Μάλιστα σε πολλούς από αυτούς τους πρώην συναδέλφους του, πρόσφερε δουλειά στη Μότορ Όιλ, τόσο πριν, όσο και μετά την πτώση της χούντας. Μεταπολιτευτικά του απονεμήθηκε αναδρομικά ο τίτλος του επίτιμου υποναυάρχου.
Β. Βαρδινογιάννης: Πάντα στο πλευρό του Πολεμικού Ναυτικού και των Ενόπλων Δυνάμεων
Ο Βαρδής Βαρδινογιάννης τιμούσε πάντα το Πολεμικό Ναυτικό και για δεκαετίες έδινε ανελλιπώς το «παρών» σε πολλές και διάφορες λαμπρές εκδηλώσεις του. Μάλιστα τον Ιούνιο του 2016 ήταν ο ανάδοχος στο σύγχρονο υποβρύχιο «ΜΑΤΡΩΖΟΣ».
Όμως και πέρα από το Πολεμικό Ναυτικό, ο Βαρδής Βαρδινογιάννης στήριζε πάντα έμπρακτα τις Ένοπλες Δυνάμεις, τις περισσότερες φορές δε, μακριά από τα φώτα της δημοσιότητας.