Για τον Γιάννη Ζουγανέλη ο, τι καλύτερο έχει κάνει στη ζωή του είναι η κόρη του: «τραγουδάει από δυο ετών. Εξαίσια φωνή. Συγγνώμη αλλά τη θεωρώ τη μεγαλύτερη Ελληνίδα τραγουδίστρια. Έχει κλείσει τα 27 αλλά για μένα θα είναι πάντα το μωρό μου». Αυτό που της εύχεται είναι «να ευτυχήσει ε��ωτικά. Να μην κακοπέσει».
Παντρεμένος από το 1981 με τη γυναίκα του Ισιδώρα, παραδέχεται ότι «υπάρχουν προκλήσεις. Σαφώς έχω επηρεαστεί από αυτές και έχω εκπέσει. Τιμώ όμως πάρα πολύ την οικογένεια μου. Περάσαμε κρίσεις αλλά με πολιτισμό, αποδοχή της διαφορετικότητας, σεβασμό στην προσωπικότητα, και πίστη στη ζωή και στη συνύπαρξη. Καταφέραμε να κρατήσουμε τις ισορροπίες».
Γυρίζοντας πίσω στα παιδικά του χρόνια, τα χαρακτηρίζει «Ευτυχισμένα. Εξαιρετικά». Παιδί κωφάλαλων γονιών, τους θυμάται «ερωτευμένους, συνεχώς αγκαλιά. Εγώ μεγάλωσα νωρίς. Είχα ανάγκη από πολύ μικρή ηλικία να τους κηδεμονεύω».
Όταν βλέπει πράγματα που έχουν χαθεί «κλαίω και κυρίως συγκινούμαι». Μάλιστα περιγράφει και μια άκρως συγκινητική στιγμή στο περιοδικό «Down Town»: «θυμάμαι όταν έχασα τον πατέρα μου, δεν έκλαψα. Αναρωτήθηκα: “Είναι δυνατόν να μην κλαίω;” Απλώς εμένα δεν με ενδιαφέρει η σορός. Ούτε η δική μου. Εμένα με νοιάζει η ψυχή. Αυτή κρατάω».
