​Στο νέο οργανόγραμμα της Γενικής Γραμματείας Δημοσίων Εσόδων, αλλά και των εφοριών έχει καταλήξει η ηγεσία του υπουργείου Οικονομικών.

Σύμφωνα με το προσχέδιο Προεδρικού Διατάγματος για την λειτουργία και την διάρθρωση του νέου υπουργείου Οικονομικών, η Γενική Γραμματεία Δημοσίων Εσόδων θα αποτελείται από τις εξής Διευθύνσεις και Τμήματα:

-Διεύθυνση Στρατηγικού Σχεδιασμού και Οικονομικής Διοίκησης

- Διεύθυνση Διεθνών Οικονομικών Σχέσεων

- Διεύθυνση Επίλυσης Διαφορών (Ειδική Αποκεντρωμένη Υπηρεσία)

- Διεύθυνση Εσωτερικών Υποθέσεων (Ειδική Αποκεντρωμένη Υπηρεσία)

- Διεύθυνση Εσωτερικού Ελέγχου (Ειδική Αποκεντρωμένη Υπηρεσία)

- Υπηρεσία Ερευνών και Διασφάλισης Δημοσίων Εσόδων - Υ.Ε.Δ.Δ.Ε. (Ειδική Αποκεντρωμένη Υπηρεσία)

- Αυτοτελές Τμήμα Νομικής Υποστήριξης

- Αυτοτελές Γραφείο Επικοινωνίας και Δημοσίων Σχέσεων

- Γενική Διεύθυνση Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης και Ανθρώπινου Δυναμικού

- Γενική Διεύθυνση Φορολογικής Διοίκησης

- Γενική Διεύθυνση Τελωνείων και Ειδικών Φόρων Κατανάλωσης (Ε.Φ.Κ.)

-Γενική Διεύθυνση Γενικού Χημείου του Κράτους