Οργανωτικό και διαχειριστικό χάος επικρατούσε στον ΕΟΤ, όπως περιγράφει η έκθεση του ορκωτού λογιστή Π. Κυριακόπουλου για τον έλεγχο της χρήσης του 2011, η οποία παραδόθηκε στις 10/12/2012 στο γραφείο της υπουργού Τουρισμού Όλγας Κεφαλογιάννη, σύμφωνα με δημοσίευμα της εφημερίδας «Ελεύθερος Τύπος». Την επόμενη κιόλας ημέρα η κ. Κεφαλογιάννη απέστειλε την έκθεση στον αναπληρωτή υπουργό Οικονομικών κ. Χρ. Σταϊκούρα, ο οποίος στις 27/12/2012 ανακοίνωσε τον έλεγχο των οικονομικών του ΕΟΤ στο παρελθόν από κλιμάκιο του ΓΛΚ.

Μεταξύ άλλων η έκθεση πιστοποιεί ότι υφίστατα�� λογιστική «τρύπα» 12,54 εκ. ευρώ και ότι υπήρχε σοβαρό ζήτημα αδιαφάνειας και αναξιοπιστίας των οικονομικών στοιχείων, ενώ στην τελευταία σελίδα της έκθεσης αναφέρεται χαρακτηριστικά:

«Κρίνουμε ότι το σύστημα εσωτερικού ελέγχου έχει σημαντικά περιθώρια βελτίωσης στο πλαίσιο της ορθής εφαρμογής του διπλογραφικού συστήματος. Επιπλέον χρήζει βελτίωσης η επικοινωνία των τμημάτων προκειμένου να εφαρμόζονται ορθολογικότερα οι απαιτούμενες διαδικασίες για την έγκαιρη ενημέρωση των λογαριασμών και τη διενέργεια ελεγκτικών επαληθεύσεων. Κρίνουμε σκόπιμο να υπάρξει άμεση έναρξη εφαρμογής των προτεινόμενων βελτιώσεων έτσι ώστε να βελτιωθεί σημαντικά το σύστημα καταγραφής πληροφόρησης αλλά και ορθής απεικόνισης των οικονομικών δεδομένων του Οργανισμού».
Στον «Ελεύθερο Τύπο» δημοσιεύεται και αντίγραφο της υπογραφής της επίμαχης υπογραφής σε επιταγή ύψους 147.600 ευρώ της Τραπέζης της Ελλάδος. Όπως επιμένουν να υποστηρίζουν κύκλοι του μέχρι πρότινος Γ.Γ. του ΕΟΤ κ. Ν. Καραχάλιου, η υπογραφή του πλαστογραφήθηκε, ενώ απουσιάζει η ειδική σφραγίδα που φέρει το όνομά του. Οι ίδιοι κύκλοι αποδέχονται πάντως μέρος της ευθύνης του για την επιλογή του Κ. Βασιλάκου, ο οποίος προφυλακίσθηκε για την ίδια υπόθεση, ως ειδικού συνεργάτη του.

​​