​Ο πυρήνας της Νίκαιας ήταν μια παραστρατιωτική οργάνωση με δομή, ηγεσία και κανόνες ενός εξοπλισμένου τάγματος, όπως αναφέρεται στο πόρισμα Ντογιάκου. Τρία πρόσωπα φαίνεται πως είχαν ηγετικό ρόλο.

Φυσικός ηγέτης από τον οποίο δίνονταν όλες οι εντολές για οποιαδήποτε επιχείρηση ήταν ο Νίκος Μιχαλολιάκος. Οι εντολές εκτελούνταν κατά γράμμα.

Ο Γιάννης Λαγός βουλευτής της ευρύτερης περιοχής του Πειραιά, ήταν αυτός που έδινε τις εντολές ως περιφερειάρχης της οργάνωσης στους πυρηνάρχες της Χρυσής Αυγής.

Ο «Γιωργάρας» που αποκαλεί ο Λαγός είναι ο Πατέλης, πυρηνάρχης της Νίκαιας ο οποίος είχε τον απόλυτο έλεγχο και την διεύθυνση της τοπικής Οργάνωσης , δηλαδή των ταγμάτων εφόδου.

Ένα από τα ομαδικά sms του Πατέλη: «Όλοι από το μεσημέρι σε ετοιμότητα. Σε περίπτωση θα πάτε στην Τοπική του Περάματος θα μαζευτείτε στη Νίκαια και θα πάτε στο Πέραμα. Εντολή Λαγού».

«Η ασφάλεια σήμερα, όλοι με παραλλαγές πόλης και μπλούζες μαύρες και μπουφάν».

«Το πρωί συγκέντρωση στα γραφεία της Νίκαιας άπαντες από ασφάλεια. Παρουσία υποχρεωτική».

Από τα στοιχεία που έχει στα χέρια της η Δικαιοσύνη, φαίνεται πως ο Πυρηνάρχης της Νίκαιας είχε στελεχώσει την τοπική οργάνωση με καλά εκπαιδευμένους άντρες, γνώστες των όπλων όπως ακριβώς και ο ίδιος, έτοιμοι για οποιαδήποτε αποστολή.

Μέσα σε αυτά τα τάγματα ήταν και ο Γιώργος Ρουπακιάς, ο κατηγορούμενος για την δολοφονία του Παύλου Φύσσα.

Η Νίκαια αποδείχθηκε το προπύργιο βίας της Οργάνωσης. Δεν είναι τυχαίο λοιπόν ότι από τα γραφεία πέρασαν όλα τα πρωτοκλασάτα στελέχη, εξυμνώντας την δράση των ταγμάτων εφόδου.

Η οργάνωση της Νίκαιας αποτελεί παρελθόν αφού τα γραφεία έχουν κλείσει. Ήταν όμως η αρχή του τέλους για να ξηλωθεί η οργάνωση σύμφωνα με τις δι��κτικές αρχές, έχοντας ωστόσο προλάβει το δολοφονικό της έργο.