Η κλήρωση του Κυπέλλου Ελλάδας έγινε το πρωί της Παρασκευής στα γραφεία της ΕΠΟ.

Οι αγώνες στους ομίλους είναι μονοί, δηλαδή σε κάθε ένα από τα 8 γκρουπ θα γίνουν τρία παιχνίδια ( 19-21/9, 24-26/10 και 28-30/11).

Την πρόκριση στην γ' φάση εξασφαλίζουν οι ομάδες που θα τερματίσουν στις πρώτες δύο θέσεις.

Σύμφωνα με το σύστημα διεξαγωγής εξασφαλίζει οι ομάδες της Super League θα δώσουν δύο αγώνες εκτός και έναν αγώνα εντός έδρας και οι ομάδες της Football League το αντίθετο.

Αναλυτικά οι όμιλοι:

1ος όμιλος
Πλατανιάς, Απόλλων Σμύρνης, ΟΦΗ, Ηρακλής

2ος όμιλος
ΠΑΟΚ, Λεβαδειακός, Απόλλων Πόντου, Νικητής του αγώνα Αιγινιακός-Βέροια

3ος όμιλος
ΑΕΚ, Λαμία, Απόλλων Λάρισας, Καλλιθέα
 
4ος όμιλος
Ατρόμητος, Κέρκυρα, Τρίκαλα, Σπάρτη
 
5ος όμιλος
Ολυμπιακός, Αστέρας Τρίπολης, Αχαρναϊκός, Κισσαμικός
 
6ος όμιλος
Ξάνθη, Παναιτωλικός, Εργοτέλης, Πανσερραϊκός
 
7ος όμιλος
Πανιώνιος, ΠΑΣ Γιάννινα, Άρης, Παναιγιάλειος
 
8ος όμιλος
Παναθηναϊκός, ΑΕΛ, Αναγέννηση Καρδίτσας, Παναχαϊκή