Μετά τον αποκλεισμό του Ολυμπιακού από τη Ντνίπρο, η Ελλάδα ολοκλήρωσε την φετινή ευρωπαϊκή της παρουσία στην 13η θέση της ειδικής βαθμολογίας της UEFA και χάνει τα προνόμια τα οποία θα έχει μέχρι και την έναρξη της επόμενης περιόδου.

Όμως, για την περίοδο 2016/2017 ο πρωταθλητής θα ξεκινήσει από τον 3ο προκριματικό του
Champions League, εκτός και αν τόσο ο κάτοχος του τροπαίου, όσο και ο κάτοχος του Europa League, έχουν εξασφαλίσει συμμετοχή στην κορυφαία διοργάνωση και μέσω των εθνικών τους πρωταθλημάτων, οπότε στην περίπτωση αυτή θα μετάσχει απευθείας στους ομίλους.

Στο
Europa League ο Κυπελλούχος, ενώ έως τώρα έπαιζε απευθείας στους ομίλους, θα ξεκινήσει από τον Γ΄ προκριματικό γύρο.

Η Ελλάδα διατηρεί τα πέντε ευρωπαϊκά εισιτήρια, ενώ για τις υπόλοιπες τρεις εκπροσώπους μας δεν αλλάζει κάτι.

Ο δεύτερος του πρωταθλήματος θα αγωνιστεί στον Γ΄ προκριματικό των «μη πρωταθλητών» για το
Champions League, ο τρίτος (Γ΄ προκριματικό) και ο τέταρτος (Β΄ προκριματικό) στο Europa League.